Franciscus de Jassu y Javier werd op 7 april 1506 geboren op het Spaanse kasteel Xavier in Navarra (Spaans Baskenland). Hij studeerde in Parijs (1525) aan de universiteit en werd daar door de jonge Ignatius van Loyola voor het heilig dienstwerk gewonnen. Hij sloot zich in 1534 aan bij het groepje dat Ignatius de 'Societeit van Jezus' noemt. In het jaar 1537 werd Franciscus in Venetie tot priester gewijd en ging samen met Ignatius werken in Rome. Op 27 september 1540 ontvingen zij de bevestiging van de orderegels door paus Paulus III. Al snel trekt hem het werk als missionaris in de kolonieën en hij gaat, op verzoek van paus Paulus III en de Portugese koning, in 1541 werken in Goa in Indië, onder de losbandige Portugezen.
Drie jaar later vertrekt hij naar de Molukken, waar hij op Ternate een centraal punt voor de missionering vestigt. Hier doopt hij in een maand 10.000 vissers. In het jaar 1549 vertrekt hij naar het pas ontdekte Japan en vestigt daar het christendom. In 1551 wordt hij provinciaal van de orde in Goa, waar hij weer naar terugreist. Van hieruit regelt hij de hele missie. Overal waar Xaverius kwam stichtte hij missieposten van waaruit het geloof verkondigd werd. Vlak voor de overtocht vanaf het eiland Sancian bij Kanton naar China, sterft Franciscus op 3 december 1552. Vanuit China wilde hij de moeilijk te bekeren Japanners bewegen het geloof in het heilig Evangelie aan te nemen.
In het jaar 1622 werd Franciscus Xaverius (zoals hij in de volksmond wordt genoemd) door paus Gregorius XV heilig verklaard en in 1748 door paus Benedictus XIV benoemd tot patroon van Indië. Paus Pius X benoemde hem in 1904 tot patroon van de geloofsverkondigers en in 1927 werd Franciscus Xaverius door paus Pius XI benoemd tot patroon van alle missies. Zijn lichaam rust in Goa.
Franciscus Xaverius is patroon van China, missionarissen, missie in het Oosten, zeelieden, de katholieke pers en voor een goed stervensuur; hij is patroon tegen storm en de pest.