Peter Canisius werd op 8 mei 1521 te Nijmegen geboren. Hij was de zoon van de burgemeester van deze stad. Hij studeerde in Keulen, waar de jezuïetenorde de eerste vestiging buiten Frankrijk stichtte. De orde van Ignatius van Loyola werd voor Petrus het middelpunt van zijn leven. Hier vond de geleerde filosofiedoctor wetenschap en apostolische bezigheden in harmonie verenigd.
Hij heeft zich ingezet voor het behoud en de vernieuwing van het katholiek geloof. In woord en geschrift werd hij een alom gewaardeerd persoon. Hij was de pauselijke theoloog tijdens het concilie van Trente (1545-1564), universiteitsrector en theologieprofessor in Ingolstadt, dompredikant in Wenen, studeerde in Messina (Sicilië) en werkte in Milaan, Praag, München, Augsburg en Innsbruck.
Tot driemaal toe werd hem de bisschopszetel van Wenen aangeboden en even zoveel keer heeft hij deze geweigerd. Hij was een persoon in aanzien in de katholieke wereld. In bijna alle kerkelijk-politieke ontwerpen en beslissingen is zijn aanwezigheid tastbaar. Hij werkte stichtend voor zijn orde. Het bekendste werk dat Petrus Canisius heeft geschreven is de grote catechismus (Canisius-catechismus), reeds bij zijn dood was men toe aan de 200e druk.
In 1580 werd hij naar Fribourg in Zwitserland verplaatst, waar hij het tegenwoordige Sint-Michaelscollege stichtte. Op 21 december 1597 stierf hij in deze stad en werd onder het hoofdaltaar van de Sint-Michaelskerk begraven.
Een deel van zijn relieken is naar Nijmegen overgebracht. Op 21 mei 1925 werd hij door paus Pius XI heilig verklaard en tot kerkleraar verheven. Petrus Canisius wordt ook wel de tweede apostel van Duitsland genoemd.