Margareta was de dochter van de Engelse koning Edward Atheling en de Hongaarse prinses Agatha. Zij werd in 1046 in Hongarije geboren, doordat haar ouders door de Noormannen verdreven waren. Onder haar grootvader, de latere heilige koning Edward de Belijder, verhuisde de koninklijke familie weer naar Engeland. Daar leefde ze in betrekkelijke rust tot 1066, toen Edward de Slag bij Hastings verloor. Toen moest de koninklijke familie weer vluchten.
Nu belandde Margareta in Schotland, en maakte daar kennis met de rauwe vorst, Malcolm III. Deze raakte volkomen vertederd van de jonge prinses. We horen van dat moment niets meer over de vrouw met wie hij tot dat moment getrouwd was. Margareta nam volledig bezit van zijn leven: "Hij kwam steeds prompt tegemoet aan al haar wensen en verstandige adviezen; wat haar niet aanstond, stond hem niet aan; waar zij van hield, daar hield hij ook van, puur uit liefde voor haar." Aldus haar biechtvader Prior Turgot van Durham. Vanaf dat ogenblik was het dus uit met het platbranden van kerken en kloosters, daar was Malcolm namelijk mee bezig op het moment dat hij zijn jonge bruid leerde kennen. Zij was het liefste een klooster ingegaan, maar nu ze eenmaal op deze plek zat, zorgde ze ervoor dat er nieuwe kerken werden gebouwd, kloosters gesticht en scholen opgericht. Zij was een royaal weldoenster voor de armen. En zij droeg persoonlijk zorg voor de christelijke opvoeding van haar kinderen, daarin bijgestaan door haar geestelijke leidsmannen, de reeds genoemde Turgot en Lanfranc, aartsbisschop van Canterbury.
Tot haar belangrijkste stichting behoort het klooster van Dunfermline, de plaats waar zij als vluchteling landde en waar Malcolm toen juist de kerk had verwoest. Voor zichzelf richtte zij in haar koninklijk verblijf een soort kloostercel in. Deze is bij opgravingswerkzaamheden teruggevonden. Daar moet zij vol overgave geschreven hebben aan haar persoonlijke Evangelieboek; het wordt tot op de dag van vandaag bewaard in de Bodleian-bibliotheek te Oxford.
Zij stierf op het moment dat een van haar zoons, Edgar, haar het verschrikkelijke nieuws kwam melden dat haar man en haar oudste zoon waren omgekomen in een van de vele slagen die zij te leveren hadden.
Haar reliekschrijn werd opgesteld in 'haar' kloosterkerk te Dunfermline. Er begonnen wonderen te geschieden; men zag een licht dwalen rond haar grafmonument; soms waren het vonken. Men meende dat de heilige op deze manier te kennen gaf dat ze graag als heilige vereerd wilde worden. Paus Innocentius IV verklaarde haar in 1251 heilig. Haar schrijn werd voorwerp van grote verering.
Tijdens de Reformatie (halverwege de 16e eeuw) wist de laatste abt van Dunfermline haar stoffelijke resten in veiligheid te brengen. Ze werden naar Frankrijk gesmokkeld, maar daar gingen ze verloren tijdens de Franse Revolutie (1789-1792).
De plaats waar Margareta in Schotland aan land kwam, staat nog steeds bekend als St-Margaret's Hope. Lange tijd bezat het kasteel van Edinborough een St- Margaret's Tower en -Gate. Aan de voet van de rots is er nog steeds een bron naar haar genoemd. Volgens de overlevering zou zij die hebben doen ontspringen bij haar aankomst in Schotland.
Zij is patrones van Schotland. Zij wordt afgebeeld in koninklijke kledij, vaak met een kroon aan haar voeten; soms ook in kloosterkleding met armen en zieken om zich heen. In Londen is er een (neo-)gotische Margaretakerk, gelegen vlak achter de parlementsgebouwen.